到劍門，整治軍務(wù)，加強(qiáng)訓(xùn)練，征召士兵，開(kāi)展民兵訓(xùn)練，三個(gè)月后周國(guó)與梁國(guó)大舉進(jìn)攻武國(guó)，反倒夏國(guó)與蠻國(guó)沒(méi)有動(dòng)靜。
方賢與武青鸞商議，一邊撤離劍門縣百姓，一邊加強(qiáng)戒備，而圣命傳來(lái)，征調(diào)武青鸞為飛鳳軍元帥，馬上赴任。
武青鸞離開(kāi)后，方賢遭遇兩個(gè)化境宗師強(qiáng)者襲擊，被他反殺一個(gè)，另一人重傷逃走，隨后夏國(guó)與蠻國(guó)大軍猛攻劍門關(guān)。
方賢借助劍門關(guān)地勢(shì)與兩國(guó)軍隊(duì)展開(kāi)激烈的爭(zhēng)奪戰(zhàn)，并且在劍門關(guān)外進(jìn)行著一場(chǎng)場(chǎng)大小規(guī)模不等的襲擊戰(zhàn)。
山寨援助趕來(lái)，幫助撤離百姓，將數(shù)萬(wàn)劍門縣百姓全部引進(jìn)山寨中去，而方賢據(jù)險(xiǎn)而守，燒掉后退的棧道，堅(jiān)持一個(gè)月后，系統(tǒng)獎(jiǎng)勵(lì)堅(jiān)盾軍陣。
方賢以此訓(xùn)練將士，在接下來(lái)的防守戰(zhàn)中效果非常好，多次頑強(qiáng)地頂住了兩國(guó)聯(lián)軍的攻勢(shì)，并且局部反擊滅了兩國(guó)幾支精銳軍隊(duì)。
方賢在射殺兩國(guó)數(shù)十個(gè)大將，應(yīng)對(duì)襲擊數(shù)次，先后斬殺對(duì)方三個(gè)化境宗師，令對(duì)方膽寒，局勢(shì)陷入僵局。
又堅(jiān)守一月后，方賢得到系統(tǒng)獎(jiǎng)勵(lì)的利刃軍陣，由此擁有了攻防皆備的軍陣，但是他手下的將士只剩下三萬(wàn)余人。
蠻國(guó)換帥，由國(guó)主的弟弟、名將哈赤親臨指揮，然而三戰(zhàn)皆敗，哈赤不顧一切親自上戰(zhàn)場(chǎng)指揮作戰(zhàn)，方賢突然以五百傀儡不先鋒突襲敵人中軍，以閃電般的速度斬殺哈赤并滅掉其親衛(wèi)三千，不過(guò)五百傀儡也自爆毀滅近半。
此后黑甲死衛(wèi)出現(xiàn)在戰(zhàn)場(chǎng)上，神出鬼沒(méi)屢屢建功，在方賢的帶領(lǐng)下再次斬殺夏國(guó)的統(tǒng)帥李東旭，成為戰(zhàn)場(chǎng)上的死神。
三月之后，方賢獲得系統(tǒng)獎(jiǎng)勵(lì)滅神弩，而他的修為也即將突破化境宗師了，以滅神弩的神威，可以直接秒殺化境宗師強(qiáng)者。
但這時(shí)，武國(guó)周邊多個(gè)郡被周國(guó)、梁國(guó)攻占，夏現(xiàn)與蠻國(guó)也從其他道路攻入武國(guó)之內(nèi)，唯有劍門關(guān)還有武國(guó)手里。
圣命傳來(lái)，令方賢放棄劍門關(guān)退往武都，任命他為全國(guó)兵馬大元帥，總督武國(guó)所有兵馬，因?yàn)槲鋰?guó)已經(jīng)面臨滅國(guó)之危。
然而圣命剛剛傳來(lái)，方賢還沒(méi)有準(zhǔn)備撤離，另一個(gè)消息震驚世人，金吾軍洪天志背叛武國(guó)，他斬殺了監(jiān)軍的九皇子，率領(lǐng)二十萬(wàn)金吾軍投降了夏國(guó)，被封為鎮(zhèn)武公，正揮軍前往武都。
方賢立即決定撤離劍門關(guān)，帶著剩下的近兩萬(wàn)將士退往廣元城。但一個(gè)消息傳來(lái)，各國(guó)忌憚方賢，害怕他回武都擔(dān)任大元帥，已經(jīng)聚集了二十多名化境宗師強(qiáng)者前來(lái)殺他。
方賢立即讓將士化整為零，全部撤往大巴山脈中的山寨，因?yàn)榇藭r(shí)他已經(jīng)成為這支軍隊(duì)心目中的神，對(duì)他令行禁止，所有將士都愿意為他而死。
在方賢遭遇不斷的追殺過(guò)程中，他反殺了一個(gè)個(gè)化境宗師，最終引來(lái)了夏國(guó)的先天大宗師，但是卻有百花淵桃花夫人殷素心前來(lái)救他。
然而，蠻國(guó)國(guó)師也同樣出現(xiàn)，方賢給了桃花夫人續(xù)命丹和變形神甲，兩人設(shè)計(jì)不惜重傷為代價(jià)，斬殺蠻國(guó)國(guó)師，重創(chuàng)夏國(guó)國(guó)師，但是兩人也跌落青衣江生死不明。
方賢醒來(lái)時(shí)，距離大戰(zhàn)已經(jīng)過(guò)去半月，而他們是順流而下，飄泊到了青衣江下游梁國(guó)境內(nèi)。
此時(shí)，劍門關(guān)最后一戰(zhàn)震驚世人，方賢與桃花夫人斬殺蠻國(guó)先天大宗師，重創(chuàng)夏國(guó)先天大宗師，但是卻下落不明，令天下震動(dòng)。
但是，武國(guó)的局勢(shì)并沒(méi)有緩解，四國(guó)大軍攻入武國(guó)境內(nèi)，雖然遭遇激烈抵抗，但是卻穩(wěn)步朝武都推進(jìn)。
長(zhǎng)公主率領(lǐng)飛鳳軍與周國(guó)大戰(zhàn)數(shù)十場(chǎng)，最后帶著數(shù)萬(wàn)殘軍逃入了太行山中。當(dāng)四國(guó)大軍兵臨武都城下時(shí)，武國(guó)國(guó)師背叛，擊殺了武青帝與諸位皇子，滅了武國(guó)皇氏，僅有長(zhǎng)公主逃過(guò)一劫。
武國(guó)被滅，百姓流離失所，流民遍天下，而四國(guó)之間也因瓜分不均，爆發(fā)了更加混亂的戰(zhàn)爭(zhēng)，在巴山脈也受到影響，先后有多支軍隊(duì)攻打山寨，但是都被消滅。
而武國(guó)的大量殘軍，紛紛逃入各地大山中，在一批年輕將領(lǐng)的帶領(lǐng)下，繼續(xù)頑強(qiáng)地抵抗著各國(guó)的軍隊(duì)，時(shí)不時(shí)傳來(lái)一些消息。
方賢醒來(lái)，發(fā)現(xiàn)自己全血經(jīng)脈盡斷，已經(jīng)失去了修為。而桃花夫人殷素心比他先醒來(lái)，還保留著一流高手的修為身手，然而卻失憶了，自以為是方賢的夫人，因此在方賢醒來(lái)的晚上主動(dòng)與他雙修，幫助他療傷。
方賢動(dòng)彈不得，只能任她施為，如此半月后他才恢復(fù)了行動(dòng)能力，但是卻不敢告訴殷素心兩人的真正關(guān)系，同時(shí)雙修確實(shí)有助于彼此療傷。
而在方賢療傷的同時(shí)，葉紅袖、鳳玲分別帶著山寨人馬潛入劍門縣內(nèi)搜尋方賢，并與各國(guó)派來(lái)搜尋方賢行蹤的武林人士展開(kāi)廝殺，朱十妹也從道宗下山而來(lái)，她已經(jīng)突破化境宗師，并習(xí)得道宗的太清妙法。
在她們遇到各國(guó)武林人士圍殺時(shí)，有一個(gè)老人突然現(xiàn)身救了她們，卻是方賢之前所救的七叔，他在劍門大戰(zhàn)前，被方賢送到了廣元城去，此時(shí)恢復(fù)了所有記憶與實(shí)力，竟然是一個(gè)先天大宗師。
就在眾女一籌莫展時(shí)，隼王突然返回，帶來(lái)了方賢無(wú)事的消息，只不過(guò)方賢現(xiàn)在距離她們太遠(yuǎn)，讓她們不要著急，回山寨等候消息，七叔與她們一同返回了山寨。
此時(shí)，山中基地已經(jīng)收容百姓三十余萬(wàn)，外圍多個(gè)山寨還有十余萬(wàn)陸續(xù)收容的百姓，而山寨的軍隊(duì)也達(dá)到十五萬(wàn)左右，正在進(jìn)行著不斷的訓(xùn)練，那近兩萬(wàn)將士成為骨干，天天向士兵講述方賢的神勇故事。
兩個(gè)月后，方賢恢復(fù)，他的身體素質(zhì)全面提升，修為也突破到化境宗師境界，而殷素心的修為則恢復(fù)了先天大宗師境界，但是她的頭部受傷，記憶仍然沒(méi)有恢復(fù)。
武都淪陷，武朝覆沒(méi)，四國(guó)繼續(xù)爆發(fā)亂戰(zhàn)，天下蒼生受苦受難。方賢帶著一眾紅顏輾轉(zhuǎn)江湖，憑借神醫(yī)之名活人無(wú)數(shù)，收納無(wú)數(shù)百姓到各地山寨。
四國(guó)均不顧武朝百姓死活，將中原當(dāng)做肥肉爭(zhēng)奪搜刮，致使中原民不聊生，方賢決定自立旗幟，聯(lián)合武朝有志之士，自任大元帥。
方賢采用新式練兵方式訓(xùn)練精銳大軍，采取自治方式聯(lián)合各地義士，采取均田分地法收納流民，在四國(guó)夾縫中一邊生存一邊壯大。
最終，武者大軍練成，橫掃四國(guó)精銳，逐步恢復(fù)原武朝地盤，并不斷吞噬原四國(guó)領(lǐng)地。方賢擊敗天下三大巔峰強(qiáng)者，成為當(dāng)世第一人，滅四國(guó)統(tǒng)一天下，方賢登基為大帝。
二十年后，方賢的孩子們揮軍征戰(zhàn)四海，統(tǒng)一大海遠(yuǎn)方諸國(guó)，建立大小公國(guó)，而他則將帝位傳于他和長(zhǎng)公主的兒子，帶著一眾紅顏破碎虛空飛升而去。
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